본 연구에서는 도농통합 직후인 1995년과 1998년의 자료가 모두 취합 가능한 24개 일반시와 40개 도농통합시를 대상으로 개별도시의 효율성을 자료포락분석법을 이용하여 측정하고, 도농통합시와 일반시간의 효율성 및 효율성 변화 정도를 비교·분석하였다. 측정된 효율성은 1995년과 1998년 모두 일반시가 도농통합시보다 평균적으로 높았으며, 도시평균 효율성은 일반시와 도농통합시 모두 향상되고 있는 것으로 나타났으며, 향상 정도는 도농통합시가 일반시 보다 다소 높게 나타났다. 일반시 중에서는 14개 도시, 도농통합시 중에서는 22개 도시의 효율성이 향상된 것으로 나타났다. 효율성과 효율성 변화의 결정요인 분석결과 모든 모형에서 세출결산액은 유의성있는 음의 효과를, 주민수는 유의성있는 양의 효과를 미치는 것으로 나타났다.