한국은 1999년에 `비영리민간단체법`, 일본은 1998년 「특정비영리활동촉진법」 을 제정하여 행정의 영역에서 NGO와의 파트너십 구축이 양국 모두 새로운 과제로서 등장하고 있다. 본 논문은 이와 같이 NGO를 지원하는 법안이 시행된 이후에, 양국에서의 행정과 NGO간의 파트너십 유형별 특성을 밝히고자 하는 것으로서, 한국과 일본의 지방정부를 사례연구로서 분석하였다. 정부부문에서 NGO의 활동에 대해서는 이미 전지구적인 담론이 되고 있으며 이론적으로도 거버넌스(governance)적 관점에서 새롭게 분석하는 움직임이 대두되고 있다. 한국사회 역시 경제개발 및 발전과정에서 형성된 장기적인 군사독재와 권위주의적인 정치체제를 시민들의 민주화 운동을 통하여 청산하고 이후 문민정부 또는 국민정부를 수립해온 경험에 비추어 볼 때, 행정과 NGO간의 파트너십 관계형태가 변하고 있어 이와 같은 연구가 가지는 의의는 크다고 볼 수 있다. 본 논문의 연구결과 우리 나라와 일본의 지방정부에서 각기 상이한 형태의 정부와 NGO간 파트너십관계 유형을 보이고 있는 것은 양국간의 역사발전단계, 사회발전정도, 정치문화, 정치·행정체제에 기인하고 있다. 그 결과 우리 나라는 참여경쟁형 파트너십이 점차적으로 정착되고 있으며, 일본은 정부주도형 파트너십이 여전히 주종을 이루고 있다. 이는 우리 나라의 NGO가 정책이슈별 흑은 정책영역별로 탄생하고 있는 반면에, 일본의 지역사회에서의 NGO는 전통적 지역사회의 기반을 가진 쵸나이카이(町內會)에 기반을 두고 탄생하고 있다는 특색을 가지고 있기 때문이라고 볼 수 있다.