물을 둘러싸고 발생하는 분쟁과 갈등은 앞으로 지방자치제의 정착을 위해서도 우리 사회가 해결해 나가야 할 중요한 과제의 하나로 대두되었다. 그러나 우리나라에서는 아직까지 물과 관련된 분쟁을 효과적으로 조정할 수 있는 분쟁관리체계나 제도적 장치를 갖추지 못하고 있으며, 또한 이러한 물과 관련된 분쟁 과정에 대한 깊이 있는 연구는 물론 분쟁의 효과적인 조정기제나 방식에 대한 연구도 매우 미흡한 실정이다. 또한 기존의 지방정부간 갈등이나 분쟁에 대한 연구들이 단순히 분쟁을 단계별로 나누고 그 원인을 규명하는 식의 연구에 불과하였고, 특히 분쟁의 해결책으로 제시되고 있는 대안들이 구체적이지 못하다는 지적에서 출발하였다. 따라서 이 글에서는 먼저 이론적인 분석을 통하여 지방정부간 물 분쟁의 조건과 더불어 분쟁이 발생하였을 때 분쟁 당사자들의 행동을 협력행동으로 유도하여 분쟁을 해결할 수 있는 협력규칙을 중심으로 분석틀을 제시하였다. 그리고 분쟁 사례를 통하여 지방정부들이 어떠한 협력규칙 하에서 협력행동을 하는 가를 분석틀에 적용하여 경험적으로 분석해 보았다. 분석결과 서울시와 경기도의 상수원 분쟁은 상호의존구조와 비용편익분리구조라는 문제구조 하에서 발생하였다는 것을 알 수 있었다. 그리고 이러한 구조하에서 발생한 분쟁의 해결에 중요한 규칙은 참여규칙, 분해규칙, 자원확대 또는 자원교환규칙, 그리고 조정자규칙임을 알 수 있었다. 따라서 이러한 분쟁을 해결하기 위해서는 먼저 참여를 통한 논변과정을 거치고, 이러한 논변과정을 통하여 문제를 쟁점별로 분해하여 해결하기 쉬운 문제부터 해결해 나가고, 자원의 확대나 교환이 필요한 쟁점에 대해서는 외부에서 자원을 확대시키거나 내부에서 자원을 교환해 나가야 한다. 이와 같이 규칙을 순차적으로 적용시켜 나가면 많은 자원을 초기에 투입하는 것을 방지하고 최소의 자원으로 분쟁을 해결해 나갈 수 있을 것이다. 또한 부정적 학습규칙과 조직화규칙은 분쟁을 지속 또는 악화시키는 요인으로 작용하였다.