천주교는 주자학의 `천(상제)은 라이다`와 `귀신은 기이다`라는 논리를 비판하면서. `천은 상제이다.`와 `귀신은 불멸하는 인간 영혼이다.`라고 주장하였다. 이것은 상제의 초월성과 상제의 심판의 대상이 되는 인간 영혼의 불멸의 논리를 주장하여 천주교를 쉽게 전도하기 위한 의도를 가진 것이었다. 성호학파 학자들은 천주교의 영향으로 원시 유교의 상제설을 새롭게 복원하려는 경향을 보였다. 또 조상귀신에 대한 주자의 양면적 입장에서, 임시적이지만 조상귀신이 독립적으로 존재한다면 측면을 강조하였다. 즉 유교에도 초월적 실체로서의 상제가 있을 수 있다는 것을 강조하였다. 영남 퇴계학파의 학자들은 천주교를 비판했을 뿐 아니라 성호학파에서 천주교의 영향으로 인격적 상제를 부활하려는 시도에도 반대하였다. 그들은 주자학에 근거하여 상제를 마음에 내재해 있는 원리로 보려고 하였다. 또 조상귀신도 독립적인 존재로 보려는 성호학파에 반대하고, 일종의 내면적인 자기 정신으로 보려고 하였다.

Catholicism criticized Zhu Xi`s claims that `Heaven is li and `guishen is qi`. By doing so Catholicism has argued that Heaven is the same as Lord on High and that guishen is a human soul. In other words the purpose was to assert the transcendence of Lord on High and the non-extinguishing nature of the human soul. The Seongho scholars, being influenced by Catholicism, showed a intent to restore the early Confucian concept of Lord on High. Though temporarily using the two sided position of Zhu Xi on ancestor quishen, they emphasized the position that ancestor quishen has independent existence. In other words, even in Confucianism, Lord on High is able to exist as a transcendent substance. The Yeongnam School was not only critical of the Catholic church but it also opposed the efforts of the Seongho School who tried to resurrect a personified Lord on High. The Yeongnam school, grounding its arguments on Zhu Xi`s thought, tried to see Lord on High as an immanent principle within the mind. They also opposed the Seongho school who saw the soul of an ancestor as existing separately and claimed that the soul was part of a person`s own spirit.