한국의 국방기획관리제도는 그동안 중장기 국방정책의 수립·집행의 틀을 제공하고 장기적 안목과 예산의 통합집행 및 중요 조정사항들의 분석 등을 통하여 국방정책의 능률적 운영에 대체로 바람직하고 중요한 역할을 수행하여 왔다. 반면 그동안의 운용과정에서 예산이 기획에 연계되지 못함으로써 중장기 국방정책의 추진에 장애를 초래하는 폐해를 양산해낸 것 또한 사실이다. 즉 당초계획에서 요구한 예산액을 예산행정 당국이나 국회의 심의과정에서 해마다 삭감조정함으로 인하여 국방정책 추진에 일관성이 훼손되고 계획의 집행이 불안정하게 되어 군사력건설 및 운영상 애로점이 표출되고 장래에 대비한 자주국방 능력의 확보가 불투명하게 되어왔던 바 있다. 이러한 상황은 곧 예산 1년주의라는 재정제도상의 문제와 신축성을 핑계로하여 해마다 국방당국이 요구하는 예산액을 삭감조정하는 예산행정 당국이나 국회의 행태에 기인하는 것이었다. 국방정책 목표의 안정적 구현을 위해서는 예산 1년주의의 질곡에서 벗어나 국방 중기계획과 그 주기를 같이하는 다년도 예산제도의 도입이 희구된다. 향후 국방예산체제가 지향할 다른 하나의 방향은 임무중심 예산제도의 도입이다. 즉 예산과정은 지원부대의 지출대상처별 규제관습에서 탈피하여 임무부대에 예산편성·집행의 주된 권한과 책임을 부여하도록 편제되어야 한다. 또한 국회의 통제지향적 품목별 예산심의 전통을 지양하고 예산운용자들에게로 신축적 재정권한을 위양하고 임무중심 예산제도의 내실화를 기하기 위하여 민간부문의 자본예산 개념을 도입함으로써 예산과정의 연속성을 유지토록 하여야 할 것이다.