본 연구는 공공부문 효율성 분석에서 최근 활용도가 높아지고 있는 변경분석방법인 DEA와 SFA 두가지 방법론을 활용하여 학술연구지원사업의 효율성을 측정하였다. 개인연구 또는 소 규모 공동연구를 지원하는 9개 세부사업 4,375과제를 대상으로 DEA 및 SFA 분석을 실시한 결과 과제단위와 사업단위 분석모형에서 효율성이 상위인 사업들이 서로 다르게 나타나고 있음을 확인하였다. 특히 신진교수지원사업 선도연구자지원사업 등 단기 연구로 투입부분이 적은 과제들의 효율성이 DEA 분석에서 상대적으로 높게 나타난 반면, SFA 분석에서는 연구기 간이 길고 실적이 상대적으로 많은 순수기초연구그룹, 선도과학자지원사업 등의 효율성이 높은 것으로 나타났다. 이러한 결과는 사업의 성격과 투입 및 산출변수의 특성을 고려하여 이들 방법론을 상호 보완적으로 적용할 필요가 있음을 보여주고 있다.