본 연구는 한국 중앙정부기관의 자율성과 능력을 측정하고, 이를 바탕으로 기관 자율성과 기관능력이 역사적으로 어떻게 형성되었으며, 어떻게 부처별로 차이가 발생하게 되었는지에 대해서 분석하는 연구이다. 연구는 두 단계로 구성되어 있다. 첫 번째 단계에서는 정부부처별 자율성과 능력을 지표화해서 측정, 비교한다. 두 번째 단계에서는 기관자율성과 기관능력이 모두 높은 기관(기획재정부)과 이 양자가 모두 낮은 기관(고용노동부)에 대한 사례연구를 실시한다. 사례연구 결과 부처별로 기관자율성과 능력에 차이가 발생하게 된 원인은 과거 권위주의 시기에서 찾을 수 있었다. 정부 주도의 경제성장 체제는 권위주의시기에 경제기획원과 노동청의 자율성과 능력을 결정하는 구조적 요인으로 작용하였고, 이때 형성된 제도가 경로의존성을 가지고 현재까지 이어져 내려오고 있는 것을 확인하였다.