본 연구는 한국, 미국, 일본의 감염병 위기관리체계를 비교 검토하여 메르스와 같은 감염병 발생시 효율적인 위기관리체계 개선방안을 모색하고자 하였다. 한국은 위기발생시 재난 및 안전관리 기본법을 근거로 국민안전처가 총괄기능을 수행하나, 감염병 분야는 보건복지부가 주관부처 역할을 수행하며, 주로 위기경보단계별 조치사항에 따라 위기활동이 이루어진다. 미국은 스태포드법을 근간으로 국가재난대응체계에 따라 연방위기관리처의 총체적 책임 하에 보건부 산하 질병통제예방센터에서 중추적 역할을 수행하고, 대유행 단계(0-6단계)별 연방정부의 대응조치를 정립함으로써 위기관리에 있어 유기적 연계체계가 형성되어 있다. 일본에서는 감염병에 따른 국가적 위기에 대응하기 위해 특별조치법, 정부 행동계획 등을 정비하고, 이에 따라 미발생 단계부터 해외 발생 단계, 국내 발생 초기 단계, 국내 감염 단계, 소강 단계까지 5개 단계로 구분하여 각 단계에 따라 적절한 조치를 취할 수 있는 체계를 갖추고 있다. 3개국의 위기관리체계를 비교분석한 결과, 국내 위기관리체계의 법, 조직, 활동에 관한 전반적인 사항을 재점검할 필요가 있고, 제2의 메르스 사태를 방지하기 위해 감염병 특이적인 사항들로 구체화하며, 실효성 있는 위기관리활동체계로 재정립할 것을 제안한다.