입법자가 행위자에게 불리한 공소시효를 정지·연장·배제하는 조항을 신설하면서 이 조항의 소급적용을 인정하는 경과규정을 둘 수 있는가 또는 그러한 경과규정이 없을때 법관은 해석으로 이 조항을 소급적용할 수 있는가는 공소시효 정지·연장·배제조항과 소급효금지의 원칙과의 관계에 달려 있다. 즉 공소시효 규정도 소급효금지원칙의 적용대상이 될 때에는 공소시효 정지·연장·배제조항의 소급효는 금지된다. 이는 공소 시효의 본질을 어떻게 이해하는가와 관련된다. 공소시효를 형벌권을 소멸시키는 제도로 보는 실체법설과 공소시효를 국가의 소추권을 억제하는 소송법적 성격을 가지는 제도로 보는 소송법설이 있지만, 실체법설과 소송법설의 관점을 모두 고려하는 병합설이 타당하다. 따라서 공소시효의 본질은 병합설에 따라서 파악하고, 공소시효 정지·연장· 배제조항의 부진정소급효는 인정하더라도 진정소급효는 부정해야 할 것이다. 대법원 2015. 5. 28. 선고 2015도1362 판결은 입법자가 성폭력처벌법에 공소시효 배제조항을 신설하면서 그에 대한 경과규정을 두지 않았을 때에는 공소시효 조항의 소급효를 부정하는 형사소송법 부칙 규정이 공소시효를 규율하는 일반법으로 적용된다는 점을 밝혔다. 대상판결의 태도가 공소시효의 본질, 일반법과 특별법의 관계, 형사소송 법의 의미에 비추어 타당하다. 따라서 만약 공소시효를 규율하는 형사소송법 부칙 규정이 없었다면 대상판결의 사안에서 해석에 의하여 공소시효 배제조항의 소급효를 인정할 수 있었을 것이다. 그리고 동 부칙 규정이 직접 적용되지 않는 사안에서는 그 유추적용을 고려해야 할 것이다. 대법원 2016. 9. 28. 선고 2016도7273 판결은 경과규정이 없는 아동학대처벌법의 공소시효 정지조항의 부진정소급효를 해석에 의하여 인정했는데, 형사소송법 부칙 규정의 유추적용을 고려하지 않은 것으로 보인다.

A legislator can establish a provision that suspends, extends or excludes the statute of limitations. At this time, may he also allow its retroactive application through a transitional provision? If there is no transition provision, may a judge retroactively apply that provision? This depends on the relationship between the statute of limitation and the principle of prohibition of retroactive effect. In other words the retroactive effect of a provision to suspend, extend or exclude the statute of limitations is not allowed, when the rules of the statute of limitations are included in scope of application of that principle. It is proper that the statute of limitations should be both a reason to eliminate the need for punishment and a condition of prosecution that leads to the extinction of the right of prosecution(combination theory). So the nature of the statute of limitations should be understood and the true retroactive effect of a provision to suspend, extend or exclude the statute of limitations is not to be allowed, though its untrue retroactive effect is to be allowed. The Supreme Court decided that the addendum provision of the Criminal Procedure Act(Act No. 8730, Dec. 21, 2007) which denies retroactive effect of the statute of limitations provision applies as the general law ruling the statute of limitations in the case that a legislator established a provision to exclude the statute of limitations on Sexual Crimes Punishment Act, but did`t make a transitional provision for it(Supreme Court Decision 2015Do1362 Decided May 28, 2015). This attitude of the Supreme Court is appropriate in light of the nature of the statute of limitation, the relationship between general law and special law and the meaning of the Criminal Procedure Act. If there had been no addendum provision of the Criminal Procedure Act ruling retroactive effect of the statute of limitations, the Supreme Court could have acknowledged the untrue retroactive effect of the provision to exclude the statute of limitations in the case. And in cases where the addendum provision does not directly apply, analogizing this provision is to be considered.